Es el año 2022, con el mundo encaminado hacia el desastre ambiental la esperanza para el futuro fue confiada a los ninjas, quienes crearon energía natural usando el fuero, el agua y el viento. Los gobiernos comenzaron a emitir la "Ley de Nación Ninja", con la que todos los ciudadanos se vieron obligados a aprender ninjutsu y así el mundo se convirtió en una sociedad ninja. Pero todo ha sido una artimaña de la organización oscura ninja conocida como Niji no Hebi. Pero para hacerles frente a éstos está Kamen Rider Shinobi, quien deberá proteger a su mundo y también a sus seres queridos.
